今の時代リンクペナルティ絡みの話題は無難に広くコンテンツとして需要がありそうなのと、社内的にも結構同じような質問を色んな方から頂くのでまとめておく価値はありそうねということで、特に目新しい話題はないと思いますがある程度網羅しておきます。
あくまで現時点（2013/07/30）情報であるということと、一部は数少ない事例を元に書いている内容も含まれますので、長期に渡って正確さを保証するものではありませんのでご了承下さい。
リンクの分別・削除に関するQ&A
不自然なリンクとはどういうものかを正しく理解し、削除できる不自然リンクは基本的には全て即座に外すことが求められます。
1.リンク調査のツールは何を使えばいいの？
自サイトに向けられている被リンクのデータを取得するには、主にはウェブマスターツールの「サイトへのリンク」から取得します。しかし、実際にはそれで全てのリンクデータが抽出できるわけではなく、特にリンク数が膨大な場合には、外部ツールを用いて初めて検出されるリンクがそれなりの割合で発生します。
従ってウェブマスターツールに加え、いくつかの外部ツールを併用することで、なるべく多くのリンクデータを抽出し、再審査リクエストに望むべきと言えます。外部ツールとしては主に以下の3ツールが代表的です。
1.Open Site Explorer ( http://www.opensiteexplorer.org/ )
2.Majestic SEO ( http://www.majesticseo.com/ )
3.ahrefs ( http://ahrefs.com/ )
それぞれ無料プランでは取得リンク数に制限がありますので有料プランを申し込むか、或いはこうしたツールのアカウントを保有している外部の協力者に依頼すると良いでしょう。
2.リンクが全部外れないと解除できないの？
基本的には、不自然なリンクは全部外すことを前提としてリンクの精査を行う必要がありますが、過去数年間に渡り様々なSEO会社と取引があったり、自社でリンク対策（当時流行ったディレクトリ登録や相互リンク、ブログ投稿系のリンクサービス等）を行なっていた場合には、現実問題としてほとんどの場合で全てのリンクを削除することができません。
そうした場合でも、出来る限りのリンク削除の努力と、削除出来ないものの否認申請やその経緯報告をGoogleに行うことで、仮に1回で削除出来なかった場合でも、粘り強く継続してチャレンジし続ければ解除できることは珍しくありません。
最近では、最終的に7割程度のリンクが残っていながら、6ヶ月程度かけて複数回に渡りチャレンジした結果手動ペナルティが解除されたというような事例もあります。
3.不自然リンクとして外す必要があるリンクの見分け方は？
次の質問とも関連しますが、一言で言えば、「SEOのみを目的として設置されたリンク」は大方NGなものとして扱って良いです。
内容によってはSEOを意図したリンクであっても一概にNGと扱われない場合もあると思いますが、素直にペナルティ解除を目指すのであればSEO目的のリンクは内容によらず削除する必要があります。
4.「質の良いリンク」であっても外す必要がある？
意外に多い質問だったりしますが、この「質の良い」という言葉もそもそも人によって定義や意味するものが全然違います。Googleが指定するところの「質の良い」というのは自然なリンクであることが前提にありますが、SEOの話題の中で「質の良い」というのは「1本あたりのSEO効力が高い」というような文脈で使われることが大半です。
先ほどの質問の回答の中でも書きましたが、後者のような意味で使われている「質の高いリンク」であれば、手動ペナルティ発動後には基本的にはそのリンクは外すことが求められます。
5.有料ディレクトリからのリンクってどうなの？
名前を挙げるとしたら、Yahoo!カテゴリのような主要ディレクトリは一向に問題ありません。ただし有料ディレクトリについては、「登録は避けるべきで、現在ついているなら外した方が良い」というものも多くあるということは言及しておきます。具体的な事例はここでは控えさせて下さい。
6.明らかに不自然なリンクばかりで固められたようなサイトが今でも人気キーワードで上位に表示されている理由は？
色々と理由はありますが、まず「今の順位が良い＝何も問題がない」ということではない、ということが前提にあります。ペナルティに起因して順位を大きく落としているようなサイト達も、時を遡れば「順位が落ちるまでは問題を抱えながらも悠々と上位に掲載されていた」わけですね。
問題がある＝必ずペナルティを受ける、ではありませんし、ペナルティを受けていない＝何も問題がない、でもありません。Googleのスパム検知フィルタがまだ検知しきれていないのかもしれませんし、ひょっとしたら単純に手動対応が遅れているのかもしれません。手動対応が行われているのに、順位にまだ反映されていないだけかもしれません。
現時点の順位を最優先と置くのか、その先のリスク等々まで含め総合的に考慮するのか、サイトや状況によって様々と思いますが、諸々のリスクまで含め判断があまりつかないようでしたら、すくなくとも「今」だけを軸に施策を講じるのはやや怖いかなと思います。
ちなみに、「スパム検知されにくい不自然リンク」と「ペナルティの際に外さなくても良いリンク」も別ものです。これも混同されている方は多いので念のため。不自然リンクである以上は基本的には外す対象として考えておく必要があります。
7.ペナルティを受けているサイトからリンク受けることって問題ある？
一般的に言えばそれ自体に問題はありません。が、自分のサイトが密接につながっているサイト群の中にペナルティを受けているようなサイトが多くあるのであれば、そのサイト群との関わりを薄くするなどの考慮はあっても良いかもしれません。
理屈としては、「悪い連中ばっかりとつるんでる奴は大概悪いやつだろう」というような感じで、一方的にペナルティを受けたサイトからリンクを受けるわけではなく、自サイトの周辺にそういうサイトが多くいてリンク構造として近しい位置にあるのであれば、リンクを制限するとかそういう対応はしたほうが良いかもしれないです。
8.nofollowでついてるリンクが怪しいと思う場合どうしたらいいの？
nofollowが最初から付与されているリンクについてはその内容如何によらず問題はありません。もともとクロール対象でもなければSEO上ではページランクも受け渡しませんのでランキングを操作するような要因とはなっていません。
9.リンク死ぬほど大量にありますけど、全部確認して削除しなきゃいけない？
先ほどの質問でも回答しましたが、死ぬほどリンクがついていようが何だろうが、再審査リクエストに求められるのは「問題となるリンクを削除すること」です。
しかし現実的にそれが出来るケースは圧倒的に稀であり、ほとんどの場合はそれが出来ません。できませんが、基本的にはそれをやることでペナルティ解除の確率は高まりますし、やらなければその分ペナルティが遠のきます。
昨年秋にはリンク否認ツールがリリースされ、そうした状況でもペナルティ解除に向けて前進はしやすくなっていますので、必ずしも全部が外れる必要はないかもしれませんが、全て確認し、削除しようとし、ダメであればそれが何故削除できないのか記録に残す、といった地道な作業はどちらにせよある程度は必要となります。
10.リンクを貼った人が剥がしてくれない場合、それ以上何も出来ない？
何もできないわけではありません。例えばリンクが掲載されているサイトの管理者に直接連絡することで個別にリンクを削除してもらえるケースや、例えばlivedoorブログなどでは最近SEOスパム報告フォームができ、こちらから申請すれば記事を削除してもらえる可能性もあります。
参考：検索エンジンスパムへの対応について - livedoor ブログ ヘルプセンター
基本的には粘り強く色々やってみると、何かしら好転することもあります。もちろん全部が全部対応してくれるわけではない、というよりも対応されることの方が少ないです。
個人的にとある無料ブログサービスの運営担当者の方とお話したことがあるのですが、スパムリンクの削除依頼は鬼のように来るようで、仮に対応しようとしても、正直1つ1つチェックして対応するなんてのは現実的に不可能、なんていうお話をされていました。まあ、それはそうですよね。
リンク否認ツールに関するQ&A
2012年10月にリリースしたリンク否認ツールについてのご質問。具体的なレスポンスがGoogleから得られる類のツール・申請ではないので、ちょっと未知数なところがあることは否めません。
11.リンク否認ツールってイマイチ実感ないんだけど使う意味あるの？
正直、否認ツールを使用したからこうなった！的なものがそこまであるわけではありませんので確証はないのですが、もともとは「削除し切れなかったリンクは否認申請を出した上で再審査リクエストを送る」というような用途で作られたもので、そういう意味では少なからず意味はあるだろうと感じています。どちらにせよ削除できなかったリンクについては否認申請する、というのは標準で行うべき施策と思います。
12.ウェブマスターツールからダウンロードしたリンク全部まとめて否認しちゃダメですか？
ペナルティ解除、という意味では問題はないのかもしれませんが、非承認する必要のない価値あるリンクまで含めてリンクの価値を放棄するという行為ですので一般的に推奨されるものでは全然ありません。きちんとリンクを精査した上で、不自然なリンクに限定して否認申請します。数によってはとても大変ですが。
再審査リクエストに関するQ&A
再審査リクエストについても、基本的には問題が解消している状態で送るものであり、そうでない場合にはそうできない原因とどのように問題を解決しようとしたかを伝えなければなりません。
参考：不自然リンクによるGoogleペナルティ解除事例 (基礎編) - SEO HACKS公式ブログ
13.特に順位は下がってないんだけど本当に放置してたらダメなの？
ある意味非常に難しい問題なんですけど、今の順位の優先度と後の順位下落リスクを天秤にかけて、前者が圧倒的に高いようであれば、場合によっては放置という選択肢が出るのかもしれないですが、少なくとも企業が管理するサイトがその選択をすることはほとんどないでしょう。
不自然リンクに関する警告を受け取ったあともしばらく順位が下がらないとか、TOPページの主要キーワードでは下落したがロングテールの流入にはほとんど影響がないとか、そういうケースも中にはありますが、それでも中期的には下落傾向になることが多いです。
少なくとも最終的には何かしらの悪影響が出るんだろう、と考えていて問題ありませんし、個人的には企業サイトに対して放置を推奨することはありません。
14.さっさと再審査リクエスト出したいんだけど問題ありますか？
再審査リクエストを送信すること自体に問題はありませんが、何も問題が解消せず、状況が改善していない状況で再審査リクエストを乱発しても「リクエスト待ち」の時間を無駄に要することになりますのであまりよろしくはないと思います。
15.再審査リクエストってやりすぎたら解除されにくくなるとかある？
再審査リクエストを処理しているのが機械ではなく人間ですので、そのあたりのオペレーションについては何とも確証がないし実際色々試行錯誤されているところなのでしょうが、少なくとも単に再審査を乱発することが良い印象を与えることはないでしょう。
何回やるとかそういうことではなく、再審査リクエストとは、問題の解消、及び問題を解消するために行ったプロセスの共有を行い、手動対応を解除する旨の申請をするための人的なコミュニケーションである、と捉えておけば良いのではないでしょうか。
16.内部的な問題で警告メッセージが来ることってあります？
ありますが、不自然なリンクに起因するものとは無関係です。警告というわけではなくアラートとしてよくあるのが重複コンテンツ問題やソフト404の検出などです。
17.本当にGoogleの中の人が人的にチェックしてるの？
実際のところどの程度のものなのかはわかりませんが、少なくとも人的な対応はされていますね。最近ではウェブマスターツールを通したやり取りだけではなく、実際に内部の担当者からメールで連絡が来ることも増えて来ました。その中では、具体的にどのようなリンクが問題になっているかのサンプルを提示してもらえたりします。
リクエスト実施後によくあるQ&A
再審査リクエストに対するGoogleのレスポンスも時とともに変化してきています。返信メッセージも以前より大分柔軟な対応をとってくれるようになってはいるなと感じます。
18.警告メッセージきてたから再審査送ったのに、「手動での対応は行なっておりません」って返事きたんだけどどうすればいいの？
うーん、どうなんでしょうね。こういうケースがちらほら散見されるのですが、手動での対応が行われておりませんということは状態としてはペナルティを受けていない、ということになります。
そう言われている以上、追加で再審査リクエストを送信したとしても「手動対応は行なっていません」のメッセージが来るだけですので、繰り返して行う必要はありません。
しかし、再審査リクエストを送信している以上サイトに何かしらの問題があるわけで、それを解消できているのであればそれで問題ないんでしょうが、問題が残っているなら引き続きその解消にあたるべきと思います。
19.ペナルティは自動解除されるって聞いたんですけど、わざわざリンク外す意味あるんですか？
自動的に自然解除される、ということは実際にもGoogleが公式にアナウンスしていることですので特に疑う余地はないのでしょうが、自動的に手動対応が解除されるのであれば問題ない、とするのは少し違うと思います。
問題を抱えたままにしておくのであれば仮に一定期間の後にペナルティが解除されたとしても、おそらく（同じ問題が要因となって）同様の処理を受けると考えておけば良いと思います。これについてはそれといった事例があるわけでもなく、断言は割けておきます。
20.ペナルティ解除したらどれくらいで順位が戻りますか？
これも状況によってまちまちですが、目安としては、手動対応の処置を取り消しました、というメッセージを受け取ってからおよそ1~3週間程度かなという印象があります。
↑1週間程度で回復しているものもあれば、
↑のように3~4週間程度かかるものもあります。どのみち、ある程度分かりやすい形で順位が回復するだろう、ということは分かりますね。
ただし、難しいのは、必ずしも「ペナルティが解除＝ペナルティを受ける前の順位に戻る」ではないということですね。特に不自然リンクに依存度の高いSEOを行なっていた場合、それらのリンクを外して再審査リクエストを行うわけですから、ペナルテイが解除されたとしてもその恩恵で得られていたランキングに戻ることはまずないと思います。
まとめ
以上、とりあえず汎用的な回答となります。ここ最近はGoogle側での再審査リクエスト対応も順次改善（？）され、少なくとも過去に比べれば解除難易度も徐々に緩和されてきたように思います。
もちろん個別具体的な事例に関しては、それぞれで言えることは少しずつ変わります。警告後の順位推移やトラフィック推移も状況によって様々ですし、サイトを複数持っている場合にペナルティを受けているサイトの重要度もさまざまでしょうし、判断も色々ですね。
ここではあくまで一般的な話題として、もし「最優先でペナルティを解除したい」となれば、上記のようなスタンスで解除に向けて地道にリンク精査と削除、リクエストを行えば最終的には解除される方向に向かいます。状況によっては結構大変なんですけども創意工夫というよりも泥臭い作業ですね。
結構ボリュームありますが、何かの時にお役立て下さい。
ヴォラーレ株式会社 土居