新型コロナは世界をどう変えるか? Parliaでならそれがわかる

Is Greta Thunberg a hypocrite?(グレタ・トゥーンベリは偽善者か?)」とググると、何千もの結果が得られる。それは、インターネットの上では「Q&A」というモデルがほとんど壊れていることの証明だ。かつてはYahoo AnswersやQuoraが、Web 2.0の「Read/Write Web(リード/ライトウェブ)」の若き希望の星ともてはやされたが、今は大量の検索結果のカオスがあるだけだ。率直にいって、Q&Aを革新しようと試みた人は多かった(「Mahalo」を覚えている人はいるかな?)けど、成果は乏しく、多くがゾンビサイトになってしまった。

でもよく見ると、何かに気づくだろう。Parliaというサイトが、「グレタ・トゥーンベリは偽善者か」の検索で3位に登場する。しかしParliaは、2019年10月にステルスでローンチしたばかりだ。ではなぜ、検索で上位にヒットするのか?

このQ&A分野の新人は最近、Bloomberg BetaやTiny VCなどからのシードラウンドを完了した。資金の額は公表されていない。

創業者で元ジャーナリストのTuri Munthe(トゥリ・ムンテ)氏によると、Parliaは「オピニオンの百科事典」を目指している。

ムンテ氏は「Parliaは一種のWiki(参加型共同編集サイト)であり、ニュースや現在行われている議論に対するすべての視点を整理し紹介する。神は存在するか? や、メッシは本当にロナルドよりも優れているのか? といった永遠の疑問も扱う。サイトの構築の仕方とその目標は、今日の社会の分極化や暴言、情報の引きこもり蛸壺化を解決することだ」と語っている。

Q&Aサイトの多くは、X対Yという対立項が登場して理性的な議論を進めるが、Parlia(議会、討議場)はすべての意見を整理しながら載せる。地球平面説も排除しない。規範的であるよりも記述的(ありのまま)を目指し、QuoraよりもWikiに近い。前者は、自分をエキスパートとして売り込もうとする人が多い。

Parliaのサイトはすでに活気がある。今の時代にとても合ってるような気がする。

現在、上位の話題は「How to stay healthy during quarantine at home?(家に隔離されていて健康を維持する方法)」や「What are the effects of spending long periods in coronavirus isolation?(新型コロナウイルスで長期間孤立したときの影響)」、「Will the coronavirus crisis bring society together?(コロナウイルスの危機は社会をまとめるだろうか?)」などだ。ユーザーは議論を静観したり、関心を示さなかったり反論したりとさまざまだ。

「2016年に、政治的コンセンサスの時代は終わったと気づいた。英国のEU離脱をめぐって大量の言葉が氾濫したが、離脱に賛成し反対する理由は、どちらもせいぜい片手で数えられるぐらいしかない」とムンテ氏はいう。

Brexitのような国を分かつような大きな問題でも、それをめぐってごく少数の有限の数の議論しかないため、あらゆることについてそうだろうと彼は考えた。だから例えば銃規制や避妊の是非、新型コロナウイルスへの対応、AIの脅威などなどの問題でも、すべての議論をマップに落とせるはずだ。

しかし、何のためにそんなことをするのだろうか? もちろんそれ自体が良いことだし、人びとが自分以外の人びとの考えを理解し、世界中の意見の分布や構成も理解するだろう。

ビジネスモデルには事欠かない。広告を載せられるしスポンサーもつく、会員制や寄付もありうる。また、データそのものが売れる。やり方が正しければ、文字通り意見や考え方の世界地図が得られるだろう。

ムンテ氏は、ユーザーはすべてGoogle検索からやってくると考えている。そしてParliaの「メディアとしてチャンスの総量は月間ページビュー換算で1億にはなる」という。

共同創業者のJ. Paul Neeley(ジェイ・ ポール・ニーリー)氏は英王立美術院の元教授で、ユニリーバのサービスデザイナーや英国内閣府も経験している。ムンテ氏自身は、メディアのエコシステムにおけるシステム的な問題をしばらく研究していた。最初はレバノンで小さな雑誌を創業し、2003年にはイラク戦争を報道、その後ネット上の写真代理店であるDemotixを創業してエグジット、次いでメディアにフォーカスするVC North Base Mediaを立ち上げた。

商業化すると、偏向が生じる恐れもある。しかしムンテ氏は「政党とは絶対に仕事をしないし、独自の倫理顧問委員会を設ける。しかし多様な意見のマップを知ることは、マーケティングリサーチや、さまざまな研究機関の役に立つだろう」という。

というわけで、Parliaのサイトでは「How coronavirus will change the world(新型コロナウイルスで世界がどう変わるか)」ということもわかるのだ。

新型コロナウイルス 関連アップデート

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(翻訳:iwatani、a.k.a. hiwa

Curativeは画期的な新型コロナ検査方法で米食品医薬品局の認可を取得

診断法のスタートアップであるCurative(キュラティブ)は、新型コロナウイルス(COVID-19)の感染を診断する画期的な検査方法について、米食品医薬品局(FDA)から非常事態時に限った使用認可を取得した。

同社によると、この検査方法は3月末からすでにロサンゼルス市に導入されており、5万3000人の住民が検査を受けているとのことだ。

Curativeの検査では、被験者に咳をしてもらい痰を採取することで、肺の奥のウイルスが検出できるのだと広報担当者は話している。

FDA最高科学責任者Denise Hinton(ダニース・ヒントン)氏がデジタル署名した書簡では、Curativeの検査が以下のように解説されている。

この製品の使用にあたっては、最初に口腔咽頭(喉の)スワブ、鼻咽頭スワブ、鼻腔スワブ、および口腔液検体よりSARS-CoV-2核酸を抽出し分離、純化する。次に、純化した核酸をcDNAに逆転写した後に、PCRによる増幅および認可されたリアルタイム(RT)PCR装置を用いた検出を行う。このCurative-Korva SARS-Cov-2検査は、EUA(緊急使用時許可)の要請により提出された認可手順に解説されているとおり、衛生研究所で一般的に使われているすべての市販マテリアル、またはその他の認可されたマテリアルおよび認可された補助的試薬が使用できる。

dot.LAで最初に紹介されたCurativeは、カリフォルニア大学ロサンゼルス校と提携する医療研究施設KorvaLabs(コーバラブズ)と共同で検査処理を行っている。

この検査方法は、米国での検査数に歯止めをかけているサプライチェーン不足の回避を目指している。現在米国では、検査キットに必要な重要部品の調達が世界的な新型コロナウイルスのパンデミックの影響で調達困難に陥っているため、検査キット不足が続いていると同社は話す。

Curativeは、検体採取と抽出キットの部品の多くを代替する製品の生産に取り組んでいる。それを同社は、磁気シリカビーズを使用しない大規模なRNA抽出方法と呼んでいる。

同社は、もともと敗血症のための画期的な検査方法の開発を目指して2020年1月に創設されたのだが、新型コロナウイルスが世界中に蔓延するようになり、その検査に方向を切り替えた。

「私たちの目標は、新型コロナウイルス検査キットの直交的なサプライチェーンを構築することです。それにより、公共衛生と米疾病対策センターの足かせとなり生産拡大を阻んでいる材料を買わずに済むようになります」と、同社はウェブサイトで述べている。「私たちはまた必要な試薬を提供することで、医療研究所の稼働率向上を目指す事業にも協力しています」。

Curativeは、同社の検査方法は2つの点で優れていると話す。その検体採取法は、医療従事者を危険にさらすことが少ないため個人用保護具の必要量を少なくできる点、そして、代替サプライチェーンを使うことで、素早く検査を拡大できる点だ。

同社は既に1日におよそ5000件の検査を可能にしており、1日に2万個のキットを生産している。検査結果は31時間ほどで届けられる。

「多くの人が検査できる体制は、我が国の新型コロナウイルス対策には欠かせません。認可を得たことで、私たちはさらに生産量を増やし、全国に私たちの検査キットを届けます」と、Curative Inc.の創設者でありCEOのFred Turner(フレッド・ターナー)氏は話す。「私たちは、ロサンゼルス市とロングビーチ市と共同で、数千の人々がドライブスルー施設で検査が受けられるようにしましたが、この検査をさらに全国の大勢の人々にも拡大できるよう、既に万全の態勢を整えています。同時にこの検査キットを使った自宅での検体採取を許可するよう、私たちはFDAとの協議を続けています。認可が得られれば、さらに検査数を増やせます」。

新たに認可されたことで、同社は全国のさらに多くの販売業者と事業を広げることが可能になる。

Curativeの検査は既にロサンゼルスとロングビーチで導入され、ロサンゼルス郡、ロサンゼルス郡消防局、ロサンゼルス郡保安局によって組織的に実施されている。検査キットは消費者に直接販売されるものではなく、医師による注文が必要だと同社は話している。

ベンチャー投資企業のDCVCの支援を受けているCurativeだが、DCVCが有限責任社員に、望むならCurativeの検査キットが手に入ることを示唆する手紙を出したことで、早くも物議をかもした。

DCVCの手紙には以下のように書かれていた。

新型コロナウイルスの症状があり、すぐに検査を受けられない場合は、速やかにお知らせください。我々のポートフォリオに含まれているある企業との特別な関係を通じて、検査キット(簡単で早くて安全な唾液または痰のスワブによるテスト)の送付を手配します。検査結果は1〜3日で郵送されます。

これに続くブログ記事で、DCVCの共同経営者たちはその主旨を以下のように説明した。

州境をまたぐ遠隔治療を可能にする規制変更に伴い、DCVCのすべての知人のみなさんに、Carbon (Health)の優れた医療ケアと完全な検査方法のことを知っていただきたいと考えたのです。そしてもちろん、それには私たちのL.P.で働く方々も含まれます。彼らも我々同様、この厳しい時期に際し、自分自身や家族に対して難しい決断を下しています。

Carbonは素早く患者に優しい電子患者研修により今のペースを保っていますが、Curativeの検査能力が加わったことで、今後10日間で1日あたりの検査数が1万件に拡大される見通しです。この医療戦力の合体が、すべての人への医療を、まさに「手配する」のです。

私たちの表現が傲慢に聞こえたでしょうか? それについて言い訳はしません。誤解された方がいれば、とても残念に思います。誰であれ「割り込み」は許されません。私たちは、友人のみなさんと私たちのコミュニティーに、いつでも質の高い医療を受けることができ、しかも私たちのポートフォリオにある最先端技術を活用できることをお伝えしようと努めているのです。

新型コロナウイルスのアウトブレイクに対処する上で、正確な検査が最重要であることに変わりはないが、数多くのスタートアップ企業が革新的な診断方式の開発に取り組んでいる。

ハーバード大学免疫学者William Hanage(ウィリアム・ヘイネージ)氏は、Business Insiderに「社会で実際に何が起きているのかを正確に知ることが、このパンデミックに対処する上での重要な鍵になります」と話している。

画像クレジット:Andriy Onufriyenko / Getty Images

新型コロナウイルス 関連アップデート

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(翻訳:金井哲夫)

新型コロナ治療開発にも取り組む細胞・遺伝子治療のElevateBioが約183億円調達

見通せない経済状況、そして世界中で新型コロナウイルス感染拡大が続く中で、今は資金調達を行うベストな環境ではないが、一部の企業は巨額調達のクローズを発表している。その一例が、ケンブリッジ拠点のElevateBio(エレベートバイオ)だ。同社は30日、1億7000万ドル(約183億円)のシリーズBを発表した。このラウンドには新規投資家としてThe Invus Group、Surveyor Capital、EDBI、Vertex Venturesが、既存投資家としてF2 Ventures、MPM Capital、EcoR1 Capital、Redmile Group、Samsara BioCapitalが参加した。

ElevateBioは1年弱前に一般向けのサービスを正式に立ち上げた。同社は新しいタイプの細胞・遺伝子治療開発を専門としており、開発と製造それぞれを専門とする新会社を立ち上げて運営している。今回のラウンドで、ElevateBioがこれまでに調達した額は3億ドル(約323億円)超となった。同社は2019年、スイス投資銀行UBSのOncology Impact Fundがリードした1億5000万ドル(約162億円)のシリーズAラウンドを発表した。

ElevateBioは動きを加速させている。R&Dにフォーカスするためにマサチューセッツ州に建設中の広さ14万平方フィート(約1万3000平方メートル)の施設は完成間近だ。同社はまた、特に幹細胞移植に伴うウイルス抑制のためのT細胞免疫治療に取り組むAlloVirという会社も立ち上げた。この治療は臨床試験の後期段階にある。そしてElevateBioはHighPassBioという会社も立ち上げた。HighPassBioもまたT細胞治療を使って幹細胞関連の病気の治療をサポートすることを目的としている。こちらは移植後の白血病再発に主眼を置いている。

ご予想の通り、ElevateBioはCOVID-19の影響を抑制するための取り組みも行っている。特にAlloVirは、免疫システムが脆弱になりCOVID-19によってリスクが高まっている状態の患者を救うのに役立つ一種のT細胞治療の開発に取り組むために 、ベイラー医科大学との既存の研究提携を拡大させている。

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(翻訳:Mizoguchi

双子のDNAを検査したらおかしな結果が出た…DNA検査は眉に唾して受けよう

【抄訳】
あなたが自分の唾液を真面目に郵送したことのある方なら、今のDNA検査企業が送り返してくる予想外の結果にも興味津々だろう。あなたの祖先は、イベリア半島でうろうろしていたのか? あなたの家族の何代にもわたる言い伝えの中に、科学が認めるものがあるとすれば、それはなんだろう?

メールオーダーのDNA検査を利用する人たちの多くは、その結果の背後にある科学について無頓着だ。なにしろ、それは科学だから。でも、DNA検査企業は強力な監督機関を欠き、自分たちのアルゴリズムをオープンにしないから、ユーザーが得たいと思っている先祖に関する知見が、これらの企業がそうでないと言えば言うほど、主観的であることもありうるのだ。

その点に関して、CBCのMarketplaceのホストCharlsie Agroと彼女の双子の妹Carlyが、5社のDNA検査キットを郵送してみた: それらは、23andMe、 AncestryDNA、 MyHeritage、 FamilyTreeDNA、そしてLiving DNAだ。

CBCはこう報告した: “事実上同一のDNAでありながら、この双子たちはどの企業からも互いに合致する結果をもらえなかった”。

このことに、驚くべきではない。各社が、それぞれ独自の試薬を使ってDNAを分析するから、違いが生ずるのは当然だ。たとえばある一社、FamilyTreeDNAは、双子のDNAの14%が中東起源とした。それは他の4社にはない結果だった。

それ以外では、素人でも予想できるような当たり前の結果が多い。しかし、23andMeのデータだけはおかしい。

CBSはこう言ってる:

23andMeの所見では、先祖が“大まかにヨーロッパ人”(“Broadly European”)はCharlsieがCarlyより10%近く少ない。Charlsieにはフランス人とドイツ人が各2.6%あるが、Carlyにはない。〔下図〕

この互いに同一の双子は、東ヨーロッパ人の継承も異なり、Charlsieの28%に対しCarlyは24.7%だ。そしてCarlyの東ヨーロッパ人の祖先はポーランドに結びついているが、Charlsieの結果にはこの国がない。

この双子は彼女らのDNAをエール大学の計算生物学グループと共有し、二つのDNAが統計学的に同一、と判定された。疑問に対して23andMeは、同社の分析が“統計的推定”だ、と言った。あなたが顧客なら、この言葉を覚えておくべきだ。

覚えておいた方がよいのは、その検査が正しい科学ではないことだ。対照群はないし、標本サイズは双子のDNAワンセットだけだ。ここから決定的な結果は導けない。でも、興味深い疑問が生ずることは確かだ。

アップデート: 23andMeのスポークスパーソンが次のような声明で、問題の結果のコンテキストを明かそうとしている:

CharlsieとCarlyの23andMeの結果の変位は主に、“大まかにヨーロッパ人”の推定値にある。このカテゴリーはわれわれのアルゴリズムが確信を持ってヨーロッパ人と同定できる層を捉えているが、国などもっと精密な分類の確信はない。双子の一方がより多くの“おおまかにヨーロッパ人”を持っていても、それは矛盾していない。それが意味するのは、一つの個体に関してはアルゴリズムが、より細かい粒度の予測をできるほどの確信を持っていなかったことである。たとえば双子の片方に関しては2.6%のフランス人とドイツ人を同定できたが、他方関してはゲノムのその部分が大まかにヨーロッパ人に割り当てられたのである。

同社が強調するのは、23andMeの先祖検査と健康診断のそれとの違いだ。後者はFDAの規則があり、その基準と精度と臨床的有効性を満たさなければならない。

双子の調査は長年、科学研究において重要な役割を担ってきた。たとえば双子の調査により、中毒や精神病、心疾患などさまざまな特性への生物学的影響と環境的影響の違いを研究できる。23andMeのような企業の場合は、双子の調査が〔今回のように〕同社の秘密のアルゴリズムの特質を明らかにし、ユーザーに対する今後の知見や、企業としての売上のアップに貢献するだろう。

【中略】

民間のDNA検査サービスは、祖先の判定だけでなく、将来の遺伝子病発病の可能性や、健康的な生活のためのアドバイスなど、‘商品’のメニューが多様化している。しかも検査の方法は年々変化し進化している。それとともに検査の‘結果’も変わる。

そこでもう一度言えば、CBCの非公式な実験は決して本物の科学ではなく、またDNA検査サービスもそうだ。ご自分の検査結果をどきどきしながら待っている方に申し上げたいのは、これらの企業がどうやってその結論に到達したのか、その方法や過程や理論について、われわれは知らないことが多すぎる。そのような営利企業を介してあなたの遺伝学的データが大手製薬企業の手に渡るとしたら、そこにはプライバシーをめぐる大きなトレードオフがある。こいつは、よーく考えてみたい問題だよね。

関連記事: 23andMeの祖先判定ツールが黒人や黄色人種に対しても詳しくなった

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(翻訳:iwatani(a.k.a. hiwa

HP、薬品を「プリント」して抗生物質試験をスピードアップ

米国では毎年少なくとも200万人が「スーパーバグ」と呼ばれる耐性菌に感染し、2万3000人以上がこの感染が直接原因で死亡していると疾病対策センター(CDC)は伝えている。そこでHPのバイオハッカー技術チームはCDCと協力して、抗生物質を「プリント」するバイロットプログラムに取り組み、抗菌薬耐性をもつ菌の蔓延を防ごうとしている。

HP D300eデジタルディスペンサーは、通常のインクジェットプリンターと同様の仕組みを利用するが、インクの代わりにさまざまな組み合わせた容積ピコリットルからマイクロリットルにわたる薬品を研究目的に調剤する。

こうした菌が急速に拡散する理由の一つは、抗生物質が誤って利用されたためである場合が多く、その結果バクテリアは既存の薬品に対する耐性を獲得する。CDCは全米の医療従事者がこの技術を利用して問題を解決できるようにすることを願っている。

「ひとたび薬品の使用が認可されると、耐性が生まれるまでのカウントダウンが始まる」とCDCの抗生物質耐性調整戦略部門の科学チーム責任者、Jean Patel医学博士が声明で言った。「人々の命を救い、守るためには全国の病院でこの技術を利用可能にすることが不可欠だ。このパイロットプログラムによって、われわれの最新の薬品が継続的に利用され、基準となる研究成果が医療従事者の手にわたることを期待している」。

3Dバイオプリンティング分野は、過去数年に急成長しており、今後10年はこのペースが続くだろう。その主な理由は研究開発のおかげであると市場調査関係者は言っている。

さらに、潜在的価値の高い抗生物質耐性の研究によって、現在治癒可能な疾病の治療手段がなくなり寿命が縮まるという恐ろしい未来の到来を阻止できる可能性がある。

現在HPのバイオプリンターは研究所や医薬品メーカーで使われており、たとえばGileadではエボラウィルスに用いられる薬品の試験に利用されている。プリンターはさまざまなCRISPR(クリスパー)応用研究にも利用されている。CDCは、これらのプリンターを抗生物質耐性(AR)検査所ネットワークを通じて全米に広がる4つの地域で使用し、新たな薬品の抗生物質耐性感受性テストの開発を行っていく計画だとHPは語った。

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(翻訳:Nob Takahashi / facebook

生物学を3Dで視覚化する強力なツールAllen Integrated Cellで感動しよう

細胞ってどんな形をしているのだろう? 絵を描(か)けと言われたらたぶん誰もが、中央に卵黄のある目玉焼きのようなものを描き、リボゾームを二本ぐらい添えるだろう。凝り性の人なら、さらに小胞体をざっと描くかもしれない。でも本物の細胞はそれよりもずっと複雑で、しかももちろん立体だ。そして細胞を実際に体(からだ)にあるとおりに、誰もが視覚化できるツールが、ここでご紹介するAllen Integrated Cellだ。

このツールを作ったAllen Institute for Cell Science(アレン細胞科学研究所)は、Microsoftの協同ファウンダーPaul Allenがシアトルに作った研究施設だ。この研究所は長年、主に細胞の視覚化を研究してきたが、今日(米国時間5/9)やっとそれをAllen Integrated Cellと名付けた企画として一般公開し、Web上でも見られるようにした。

このアプリケーションは、もっぱら幹細胞が対象だ。その3Dモデルは一般的な理論だけでなく、彼らが研究所内部で行った記録や観察にも基づいている。細胞のタイプは数十種類あり、プロテイン(タンパク質)をはじめ、細胞を構成しているさまざまな物質を像を切り替えながら見ることができる。

オルガネラやプロテインの位置を観察できただけでなく、このシステムはそのほかの類似の細胞を調べることによって、それらの位置を予測できるようになった。そこで、特定の物質を探索しなかった細胞についても、その存在を確率モデルから推測できる。

それが重要なのは、特定の物質やオルガネラを選んで蛍光染色し、顕微鏡で直接見るやり方が細胞にとって良くないからだ。そうやっていろんなものをタグ付けしていると、細胞が死ぬこともある。しかしモデルによって、細胞膜Bの存在と形からオルガネラAの所在を導けるのなら、タグ付けは不要だ。

研究所の常勤取締役Rick Horwitzがプレスリリースで述べている: “これは、人間の生きている細胞の内部を見る新しい方法だ。将来的にこの方法は、新薬の発見や疾病の研究など、人間の細胞の研究を必要とする研究開発の、あり方を変えるだろう”。

微生物学者でない人が見ると、これらは岩を描いたヘタな絵か、モダンアートに見えるだろう。しかし、ある種のプロテインの生体内の働きや、特定の医薬やホルモンへの反応、その分布を支配している体内的過程、などを研究している者にとっては、強力なツールになりえる。

関心を持たれた方は、研究所にある、人間の細胞のヴィジュアルガイドをご覧になるとよいだろう。それも今日公開され、見る人に高校時代の生物学を思い出させるだけでなく、撮影された動画等ではなくWebそのものの技術で描かれる、3Dのすばらしいビューアーを体験できる。

画像クレジット: Allen Institute for Cell Science

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(翻訳:iwatani(a.k.a. hiwa

精子の動きを再現するCGアニメが生物学の進歩にも貢献した

精子が動きまわる短編3Dアニメが、精子のかつてなかったほど詳細なモデルとして、大きな科学的価値を持つことになった。あの中で一体何が起きているのか、前から関心があった方にも、たいへん参考になるだろう。

ハーバード大学Wyss研究所のDon Ingberが、生物学的過程を原子のレベルで正確に視覚化したい、と考えた。呼吸でも視覚でもなんでも、きわめて複雑な過程だが、でも、精子が卵子に殺到して、自分を卵子に埋没させていく過程は、単純かつ、彼の制作努力に見合うほど十分にドラマチックだろう。

彼は、同じくWyssにいて映画畑で働いたことのあるCharles Reillyとコンビを組んだ。絵コンテは作ったが、精子の長い尾のアニメーションで難航した。尾の動きは、精子の推力を作り出している。二人は精子の動きに関して大量の文献を読んだが、マクロのレベルで見るような単一のモデルを作ることには役に立たなかった。尾の実際の動きは、原子のレベルで起きていることの直接の結果だった(分子モーターが動きを作り出す)。

しかし、ばらばらの知識をとにかく大量に寄せ集めて、精子のさまざまな実態に合ったモデルを作ることに成功した。精子の尾の動きという過程を原子〜分子レベルで視覚化すると、きわめてユニークな映像になった(下図)。尾を構成しているのは長い軸糸(axonemes)と呼ばれる原子の構造で、それらのあいだにダイニン(dynein)と呼ばれる酵素分子が並んでいるのだ。

その原子レベルの動きの全体を、彼らの短編アニメで見ることができる。それは見ておもしろいだけでなく、ダイニンが関与している、ボートの漕ぎ手のような動きを、エレガントに説明している。おまけに、科学的価値も高い。

IngberがWyssのニュースリリースで説明している:

われわれの物理学レベルのシミュレーションとアニメーションシステムは、そのほかの、データに基づくモデリングシステムと比べても遜色はなく、またそれだけでなく、新しい科学的知見にも導く。すなわち、ダイニンヒンジの制約された動きが、ATPの加水分解(ATP hydrolysis)によってリリースされるエネルギーをフォーカスすることである。それによってダイニンの形が変わり、微小管の滑動と軸糸の動きを駆動する。

さらに、ダイニンのこれまでの研究により、その分子の二つの異なる静的配座が明らかとなったが、われわれのアニメーションは、それら二つの形状の間をプロテインが遷移する、ひとつの妥当な様相を示している。それは、他のシミュレーションにできなかったことだ。またアニメーションによって、ダイニンの列が一斉に働く様子を視覚化でき、それはボート競技の漕ぎ手たちの揃った動きを連想させる。これも、従来の科学的シミュレーションの方法では困難である。

彼らがこの短編アニメーションで見せていることは、精子の実際の動きの理解を、一歩前進させることに役立つだろう。

では、アニメの最終バージョン、“The Beginning”をご覧いただこう:

それは、奇異であると同時に優れた作品だ。これを実際に作れたことは、喜ばしい。

Ingberは語る: “われわれは、アートとサイエンスが本当に互恵的に互いの役に立つことを実証できた。このプロジェクトが今後のさらなるコラボレーションを喚起し、アートとサイエンスの密接な協働がエンターテインメント産業でも活用されて現実を描き出し、万人がそれらを楽しめることを期待したい”。

このアニメの創作過程は、ジャーナルACS Nanoにドキュメントされている。

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(翻訳:iwatani(a.k.a. hiwa))

CRISPR-Cas9ゲノム編集でマウスのHIVウィルス除去に成功

AIDS撲滅の重要な突破口が開かれた。CRISPR-Cas9という技術を用いてマウスの細胞からHIVウィルスを除去する方法を研究チームが発見した。

現在この致死性ウィルスに侵された患者は、毒性のある抗レトロウィルス混合薬を服用してウィルスの複製を抑制しなくてはならない。しかしCRISPR-Cas9は、体内のあらゆる遺伝子コードを切り離すようにプログラムすることが可能で、その精度は極めて高い。例えば、体内のHIV-1 DNAをすべて除去できる可能性を持っている。そして、もしこのDNAを切り離すことができれば、ウィルスが自身の複製を作ることを抑止できる。


論文誌,Molecular Therapyで初めて発表したこの研究チームは、CRISPRを用いることでHIVを完全に消滅させられることを示した。しかもその効果は目覚ましい。わずか1回の治療によって、マウスの臓器及び組織から感染の痕跡をすべて取り除くことに成功した技法を紹介した。

ただしこれは永久的解決方法ではなく、研究チームにとって研究は初期段階にある ーー この研究は昨年実施した概念実証研究に基づいて行われたものに過ぎず、その技法はマウスでしか使用されたことがない。しかし、もし研究チームがこの発見を再現することができれば、将来の臨床実験につながる可能性がある。

「次の段階は、この研究を霊長類で再現することだ。潜伏感染しているT細胞や、脳細胞などのHIV-1聖域からHIV-1 DNAが除去されることをさらに示す上で、HIV感染によって疾患が誘発される霊長類はモデル動物として適している」と論文の共著者であるDr. Khaliliが声明で言った。「われわれの最終目標は人間の患者による臨床試験だ」。

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(翻訳:Nob Takahashi / facebook

23andMeにパーキンソン病など10種類の遺伝子リスク情報の提供がやっと許可された

米食品医薬品局(Food and Drug Administration, FDA)が今日(米国時間4/6)23andMeに、一般消費者に対して有料で行った遺伝子テストの結果として、10種類の疾病(下表)のリスクは報告してもよい、と決定した。その中には、後発性アルツハイマー病とパーキンソン病も含まれる。

2013年11月にFDAは、23andMeが個人のゲノム検査をして、その結果としての健康情報を提供する行為の、一時的な停止を命じた。その後2015年10月にFDAは同社に、きわめてまれな遺伝病の遺伝子を子に伝えるかもしれない検体に関しては、彼らの健康および担体(保因者)状態を提供してもよい、とした。この決定のきっかけとなったのは、それより少し前に23andMeが、Bloom Syndromeと呼ばれる遺伝性疾病の検査に成功したことだ。この非常にまれな劣性遺伝子疾患は、低い身長とがんの素因のあることが、その特徴である。

今朝の発表でFDAは23andMeに、以下の10の疾病に関する情報を消費者に提供してもよい、とした:

“消費者は特定の遺伝子リスク情報に直接アクセスできるようになる”、とFDAのDevices and Radiological Health担当ディレクターJeffrey Shurenが声明文で述べている。“しかし遺伝子リスクは大きなパズルのピースの一つにすぎない、と理解することが重要である。遺伝子リスクがあるからといって、必ず疾病を発症するとは限らないのである”。

FDAが23andMeにこれまで情報の提供を禁じていたのも、消費者間における上記のようなネガティブな誤解の蔓延を恐れたからだ。しかしながら消費者は、乳がんなど一部の遺伝子病については、自分がその予防策をとるべきか、知りたいだろう。遺伝子健康リスク(genetic health risk, GHR)検査のねらいも、まさにそこにある。ご存知のように女優のAngelina Jolieは、母からBRCA遺伝子を継承していることを知ってから、乳がん予防のために切除手術を行った。

この発表によって23andMeは、医師の処方がなくても消費者に遺伝性疾患の検査結果を渡してもよい、唯一の企業になる。すでに23andMeの顧客であるアメリカの住人は、今月後半以降に報告を受け取ることができる。ほかの国に関しては、規制の問題などがあるだろう。

23andMeのスポークスパーソンによると、これらの報告提供事業は今後長期にわたるが、今月は後発性アルツハイマー病、パーキンソン病、遺伝性血栓性素因、α1-アンチトリプシン欠乏症、そしてゴーシェ病の担体ステータスレポートの提供が開始される。そのほかの疾患は、そのあとになる、という。

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(翻訳:iwatani(a.k.a. hiwa))

ホウレンソウの葉が血管網の生成を助けるなど再生医療で大活躍

あなたがサラダは健康にいいと思っているまさにそのときに、ウースター工科大学の研究者たちは、脱細胞したホウレンソウの葉で、医師が器官を再生するときに必要とする血管網を作れることを発見した。このプロジェクトを専門誌Biomaterialsが特集しており、現状はまだ概念実証の段階だが、その真価は、別のもので前にあった血管系を代行できることを証明した点にある。

研究者たちはこう書いている: “セルロースには生体適合性があり、これまでも、軟骨組織や骨の組織の再生医療への利用や、傷の治療などに広く利用されている”。

そこで、ホウレンソウの葉のようなものを、デリケートな体組織のためのカバーや足場として利用できるのだ。このような葉は損傷した心臓の組織に酸素を送って、新しい器官や再生組織が移植後に死なないようにする。また、これらの酸素ポンプ役の葉は、シェフがすばらしいサラダを作るためにも使える。


[ホウレンソウの葉が血液を運んで人間の組織を成長させる]

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(翻訳:iwatani(a.k.a. hiwa))

この小さなワイヤレス水分センサーが熱中症を予妨する

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ノースカロライナ州立大学の研究員らが、ウェアラブルなワイヤレス水分センサーを作った。胸に貼ったパッチや手首に巻いた装置で、喉の乾き具合を知ることができる。

このデバイスは、脱水による熱中症の怖れがあることを知らせるように作られている。

「喉の乾き具合を定量的に測ることは難しいが、これは軍人からスポーツ選手、消防士まで、現場やトレーニング中に熱中症にかかるリスクのある人全員にとって重要な問題だ」と研究者のJohn Muthは語る。

デバイスは「ユーザーの皮膚水分をリアルタイムで」測定し、アスリートの能力を高めるほか、脱水を防ぐために水を飲むことのできない高齢者の水分状態を追跡するのにも使える。

「化粧品の保湿効果を測ることもできる」と研究員のYong Zhuは言った。

センサーは銀ナノワイヤーを使って皮膚の電気特性を感知する。小さなセンサーが、現在水分測定に使われている大型で複雑なセンサーと同等の働きをする。従来の製品は8000ドルもするが、この新しいセンサーは約1ドルなので、水分センサー分野にとって大きな一歩であり、様々なセンサー用途への道を開くことだろう。

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(翻訳:Nob Takahashi / facebook

糖尿病患者の健康状態を常時チェックして警報をスマホに送るSiren Careの“スマートソックス”

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糖尿病の健康チェックサービスSiren Careが、糖尿病患者が温度センサーで炎症や傷害を、リアルタイムで検出する、スマートソックス(靴下)を作った。

協同ファウンダーのRan Maは、ノースウェスタン大学にいるときに傷めた背中の皮膚を回復するため、バイオマスを育てていたとき、糖尿病患者の足の処置について勉強を始め、怪我を調べたり防ぐためにウェアラブルを作ることを思いついた。

糖尿病患者はタイプ1の人も2の人も足に問題を抱えることが多く、とくに、足がむくみがちである。それは放置すると、感染症や足の切断手術など深刻な事態になることもある。重大な合併症を防ぐためには早期発見がきわめて重要であり、そこでMaと彼女に協力する協同ファウンダーVeronica Tranは、衣服などへのセンサーの内蔵が鍵だ、と考えた。

しかし糖尿病患者の足の傷害を見つけるウェアラブルは、Sirenのソックスが初めてではない。SurroSense Rxは糖尿病患者のための靴の中敷きで、Tillges TechnologiesのPressureGuardianは、問題を検出するよう設計されたブーツだ。

でもブーツは扱いが面倒だが、Sirenのソックスは靴の中敷きよりも皮膚によく密着する。センサーはソックスの生地に織り込まれていて、炎症があるとそれを検出する。その情報はユーザーのスマートフォンにアップロードされ、問題を警報する。

ソックスが異常な高熱を検出すると、そのデータはソックスとアプリとクラウドに保存される。それは足に傷害があるというサインなので、足を調べろという警報がユーザーに送られる。

“靴紐と同じぐらい、単純でふだんは気にならない存在だけど、傷害があればそれを知らせてくれる”、とMaは語る。

ウェアラブルだけど、ソックスを充電する必要はない。最初から電池内蔵で、それは6か月もつ。またその電気が消費されるのは、実際にそれを履いているときだけだ。寝るときなどに脱げば、ソックスも寝てしまう。洗濯機で洗えるし、丈夫だから少なくとも6か月は使える。

Maは曰く、“わが社のSmart Textile(電脳織物)技術は、さまざまなセンサーや電子回路を織り込める。湿度センサー、圧力センサー、光センサー、LED、RFID、MCU、BLEなどなど、何でもシームレスに布地と一体化する”。糖尿病患者のための炎症検出ソックスは、同社のこんな大きな技術の、ひとつの利用例だ。夢はもっと大きい。

炎症や傷害の検出だけでも、ほかにさまざまな体の部位があるから、製品開発の幅は広い。

Sirenは500 startupsのバッチ18から巣立ち、ソックスは来春発売する。予約は、ここで受け付けている。週の各曜日用、という考え方で、7足がワンセットだ。

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(翻訳:iwatani(a.k.a. hiwa))

ゲノム配列を読んで、しかも謝礼が貰える遺伝解析スタートアップGenos

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最初のヒトゲノム配列の決定には、驚異の27億ドルがかかった。しかも、遺伝子疾患に関してそれが飛躍的な進展につながる兆しもなかった。幸いに、それ以来ゲノム配列決定のコストは劇的に低下し、新しいタイプの消費者向けの遺伝子解析スタートアップが登場し、個人のDNA二重鎖配列を詳細に決定する業務を請け負うようになる。

Genosはそのようなスタートアップの一つで、次世代シークエンシング技術を使い、個人の遺伝情報の詳細を明らかにし、クラウドソーシングによって集めた遺伝マップを研究者に提供することにより遺伝子疾患の原因解明に寄与することを目的とする。

同社によれば、近い将来個人の全ゲノム配列を読む計画だが、現在はまずエキソームを読むサービスを開始する予定だ。エキソームとは、ゲノム中でタンパク質に翻訳される領域の全遺伝子のことだ。エキソームは稀な遺伝的変異によって生じる遺伝子疾患の同定に極めて重要だ。

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よって、SNP(いわゆるsnips)形式と比較して、得られる情報量は膨大で、個人の遺伝情報の極めて細かい部分までが取得される。

23andMeは最近、この手の次世代シークエンシングサービスを中止したが、創始者のAnne Wojcickiは先週開催されたWSJD Live conferenceで、その技術を「ホットで、きらびやかなもの」と呼んだ。しかし彼女は「得られる情報のすべてを処理するのは極めて複雑」と言い、同社はその結果に関して曖昧な点を残したくないと考えている、と付け加えた。

次世代シークエンシングを使えば、例えば、あなたがある種の乳がんにかかる危険が僅かにある、といったことが判る。しかし、Wojcickiが指摘した通り、その情報を使ってすることがあるにしても、一体何をする必要があるのか、という点を明確にすることは困難だ。

しかしながら、このレベルの詳細なデータを提供することに取り組む企業は、その気になればたくさん見つかる。Genos同様に、Color GenomicsHelix、Veritasはみんな、この新しくより進歩的な塩基配列決定テクニックに賭けており、この手法を使って有用な情報を掘り出し、我々が病気にかかる可能性についてよりよく理解するための情報を提供しようとしている。

これらの新規の遺伝情報解析のスタートアップはデータ収集とその実装の為に独自のアプローチを採っている。Genosの場合は、参加者それぞれが研究のプロセスを援助することを奨励することで遺伝マップの作成を行っている。同様に、23andMeや他のスタートアップも、ある程度は参加者に任意で質問に答えてもらったりある種の研究への参加の了解を取り付けたりしている。しかし、Genosの場合は、参加者一律に同意書へのサインを要請する代わりに、毎回情報提供の報酬として参加者にインセンティブを与える計画だ。

その方法で経済的にうまく行くのだろうか。その部分に関しては明確ではない。Genosがいくら払うかについては現時点で議論の余地があるが、同社によれば今から数ヶ月後、そのサービスが公式にローンチされる日が近づけば明らかにされる予定だ。対照的に現在、遺伝解析関連企業の多くは任意で得ている情報に対して報酬を支払っていない点は注目に値する。

その間、Genosは前述のサービスのローンチへの動きを加速し、ガン発見の為のプラットホームであるNantOmicsから600万ドルの戦略的投資を調達した。同社の諮問委員の中には以下の著名人が含まれる。George Churchはヒトゲノム計画の始動を助けたゲノム研究のリーダーであり、Alvin E. Rothはノーベル経済学賞受賞者、Mina RadhakrishnanはUberの幹部を務めた後、現在Redpoint VenturesのEIRである。

他のゲノミクスのスタートアップはより多くの資金を集めており、製品の展開においてはずっと先を行っているが、Genosの、謝礼を支払って情報を収集する、というアプローチは興味深いもので、同社はそのための良いチームを擁している。そのアプローチが上手くいくかどうか注視するとしよう。
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(翻訳:Tsubouchi)

九州大学の研究グループがマウスの皮膚細胞からマウスの赤ちゃんを作った

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【抄訳】
日本の九州大学の研究グループが、マウスの皮膚の細胞を、卵細胞を使わずに、赤ちゃんマウスにすることに成功した

その技術は、卵子に精子を受精させる通常の方法ではなく、発生に必要な染色体ペアにより細胞を成長させる方法を使っている。

このような方法の成功はこれが初めてであり、今回も、それほどたくさんのマウスの細胞で‘誕生’が見られたわけではない。Natureに発表された論文には、そう書かれている。

今は話がマウスで済んでいるが、今後はたとえば、年齢的に卵子を生産できない女性が、この技術で自分の“生物学的な”子を作ることも考えられる。ドナーの卵子がなくても、二人の男性が自分たちの子を作ることもできるだろう。

この研究は、2007年のノーベル賞受賞者Shinya Yamanaka(山中伸弥)の、幹細胞に関する研究がベースだ。Yamanakaは、大人の皮膚細胞から多能性幹細胞を作れることを示した。多能性とは、体内で使われているそのほかのどんなタイプの細胞でも作れる、という意味だ。それは、人間の受精卵を破壊しなくてもパーキンソン病などの治療や研究に必要な幹細胞を作り出せるという意味で、画期的な発見だった。

多能性細胞は文字通り多能だから、性を担う細胞も作れるだろう。それを2012年に、当時京都大学にいたKatsuhiko Hayashi(林克彦)が試みた(2014年から九大)。しかしそれは、きわめて困難な研究で、今でもまだ研究者たちは、卵子や精子に似たようなものは作れても、それらが実際に胎児へと発生したことはない。

やがて彼らは、マウスの皮膚細胞から成熟した卵細胞を作れることを発見した。それには条件があり、その皮膚細胞は、マウスの胎児の卵巣または精巣から取られた細胞に包まれて(収容されて)いなければならない。この操作により幹細胞を卵巣や精巣らしきものへと形成できるが、この実験ないし実証を人間の胎児の細胞と人間の皮膚の細胞で行うことは、規制や反対意見のため、現段階では困難である。

そこでHayashiによると彼は現在、胎児の細胞に代わるものとして、何らかの人工的な試材の利用を検討している。

しかし、法律等の規制があるかぎり、この方法でも、簡単に人間を作り出すことはできない。日本の法律は、人工的にないし加工によって作った人間の細胞を受精させることを、研究目的であっても、禁じている。

【中略】

しかし、研究や実験のプロセスそのものも、まだきわめて初期的段階である。この日本の研究では、マウスの皮膚細胞を上記のように加工した胚からの発生成功率がわずか3.5%だった。対して、今日の一般的な体外受精の成功率はほぼ30%、(受精卵の)体外培養の成功率はほぼ40%である。

【後略】

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(翻訳:iwatani(a.k.a. hiwa))

遺伝子検査の23andMe、人種の多様性を反映させた遺伝情報の収集を計画

NEW YORK, NY - NOVEMBER 10:  23andMe CEO Anne Wojcicki speaks on stage during 'The Fast Company Innovation Festival' - Data + Drugs: The New Evolution Of Drug Making With 23andMe And Sprout on November 10, 2015 in New York City.  (Photo by Brad Barket/Getty Images for Fast Company)

消費者向け遺伝子検査の先駆けである23andMeは、世界中の多様な遺伝データを積極的に収集し、その領域でトップを目指すと発表した。

同社は本日、系統解析サービスを単独のサービスとして99ドルでリリース、自分の遺伝的出自に興味を持つ人たちは、試験管に唾を吐くだけで自らの祖先や親戚をたどることが出来るようになる。

DNAで家系をたどるサービスは創業者のAnne Wojcickiによると同社のプラットホームにおいて大変人気のあるサービスで、一般的な遺伝学そのものに対しても良い導入点なる。さらに、世界中の誰もが自分たちがどこから来たのかを潜在的に知りたがっているという点で、このサービスに対する需要は万国共通のものがある、とWojcickiは付け加えた。

しかしながら、同社の祖先解析コースのレポートは、人種の多様性を反映した遺伝情報を著しく欠いている点が、厳しく批判されている。例えば、Euny HongがQuartzでレビューを書いているように、彼女の遺伝情報はレポートによるとたった76人の朝鮮人に由来しているということだ。

23andMeによると既に幾つかのプログラムが始動して、そのプラットフォームにおける有色人種の遺伝的データを充実させようとしている。同社は今春、Roots into the Futureというプロジェクトを導入し、アフリカ系アメリカ人の遺伝情報の収集を行っている。さらに、23andMeはHuman Genome Diversity Projectの資金援助も行い、現在アフリカにおいて2つのプロジェクトが進行中で、祖先を構成する遺伝データの多様性の増加を図っている。

しかし、23andMeにとって注力すべき箇所は一点ではない。実際、全米バイオテクノロジー情報センターによれば、遺伝的同定において使用されるサンプルの96パーセントがヨーロッパの人々からのものだった。

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そして、その反動がくる先は少数の遺伝的サンプルから成るグループだ。その点に関して言えば、単にもっと多様性を確保すべく世界中の人々に自社の製品を売り込もうという観点のみならず、ヘルス・リサーチ一般に対する意味合いが大きい。つまり、大きいサンプルサイズを確保することで病気の遺伝的マーカーを発見する確率がずっと増し、また研究が正しく行われる確率も上昇するのだ。

 23andMeはこの問題について、同社のブログ内の「現実問題としての遺伝研究における多様性」という記事で言及している。ある心臓疾患の研究において、偏った研究に基づいたせいで、アフリカ系アメリカ人は白人に比べ、ある遺伝的変異を持っている確率が高く、そのせいで肥大型心筋症という心臓病を発症する可能性が高いという、誤った結論が導かれた。実際、その変異を持つ確率に人種間での差はなかった。遺伝研究が正しく行われればこのような偏りは取り除かれるが、そのためには数と多様性の両面においてより広い範囲のデータが必要である。

23andMeによると、同社が現在供給しているデータに対しては自社独自の研究で対応するものの、次のステップに進むためには一般大衆の参加が必要ということだ。

23andMeが今後増やしていきたいと考えている研究の良い例が、最近発表された、ネバダ州で行われる集団遺伝調査だ。ネバダ州行政府はRenown Health FoundationとNevada’s Knowledge Fundの援助を受け、同州の何千人もの市民に対し無料テストの機会を提供し、健康状態、人口構成、遺伝的・環境的データを調べることを引き受けた。

もちろんネバダはほとんど白人とヒスパニックだ。しかしWojcickiは他の参加者が同様のテストに参加してくれることにより、人種の偏りのギャップを埋めてくれていると期待している。

「この領域には素晴らしい可能性があります。大きなグループの利点を生かせば、そのグループ内で協力し個人それぞれの医療記録を照らし合わせることで、個人にあった医療、オーダーメイド医療といった点で、真に革新をもたらすようなコミュニティーの形成が可能になり、研究が飛躍的に進むでしょう」と、WojcickiはTechCrunchに語った。

僅かばかりのDNAと引き換えに自らの祖先の情報を知りたい人はここに行ってキットをオーダーしよう。

系統解析コースは元来、顧客に提供されるサービスの一部分であり、そのサービスの中に健康に関するデータも含まれていた。現在、顧客は系統解析コースを単独で選ぶことも出来るし、健康・系統解析の両方の選択も可能だ。
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(翻訳:Tsubouchi)

海の魚を全部3Dスキャンする、教授のあくなき探求

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もし、mottled sculpin(カジカの一種)がどんな魚かを知りたければ、ネットでいくらでも写真を見ることができる。しかし、それで物見高い干潟マニアを満足させられたとしても、目利きの魚類学者の要求はそれに留まらない。ワシントン大学の教授が、海の魚 ― あらゆる魚の〈種〉だが ― をフル3Dスキャンしているのはそれが理由だ。

34万ドルのCTスキャナーと数人の実験助手と山ほどの魚を使って、Adam Summersは2万5000種以上の魚の完全カタログを作ろうとしている。彼は昨日今日のマニアではない。教授は1990年代から魚をスキャンしていて、この種のデータの持つ科学的価値も知っている。

ミリ単位精度のデジタルモデルがあることによって、異なる種、あるいは同じ種のいくつかの標本の正確な比較が可能になる ― 骨格、尾、脊椎、あるいは魚全身を3Dプリントして実世界の標本と比較することもできる。これは極めて価値あるツールであり、Summersが彼の研究室で作ったデータを無料で提供することにこだわる理由もそこにある。

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「このスキャナーのおかげで、正しく理解すればこのシステムが驚くべき能力を持つことを確信した」とSummersが大学のニュースリリースで語った。「このスキャンデータは、3Dデータとその利用方法に対するわれわれの考え方を変えるだろう」。

研究室はワシントン州の美しいピュージェットサウンド地区のサンファン島にあり、今Summersの水のパラダイスには、自分の魚をスキャンしてほしい人々が次々と訪れてくる。もちろん大物を釣った人だけではなく、生物学者や美術館の学芸員が膨大なコレクションをデジタル化するためにやってくる。

Summnerは、全部をスキャンするのに2~3年かかると考えているが、それで彼の仕事が終るわけではない。次の計画は、残る5万種ほどの地球上の脊椎動物をスキャンすることだ ― いくつもの意味でずっと大変な作業だ。

現在までに500種以上の魚がスキャンされており、 ここOpen Science Frameworkで見ることができる。全ファイがフル解像度で自由にダウンロードできる。

[原文へ]

(翻訳:Nob Takahashi / facebook